Eine erste romanische St. Michaelskirche ließ um das Jahr 1100 Graf Berengar von Sulzbach erbauen. Geweiht wurde sie von Bischof Gebhard III. von Konstanz zwischen 1100 und 1104. Von dieser Kirche blieb der mächtige, aus Dolomitquadern erbaute Turm bis heute erhalten. Besetzungsrecht und Kircheneinkommen gingen an das Benediktinerkloster Kastl. Diese Rechte des Klosters Kastl wurden 1139 durch Papst Innozenz II. und 1235 durch Gregor IX. bestätigt. Im Jahre 1359 wurde Lauterhofen dem Kloster Kastl inkorporiert.
    Diese erste St. Michaelskirche wurde am 15. Juni 1513 durch einen Blitzschlag, zusammen mit dem gesamten Markt, vernichtet. Übrig blieb nur der Turm. Schon 1515 ging man daran, die Pfarrkirche im gotischen Stil wieder aufzubauen. Dabei wurde die Spitze des erhalten gebliebenen romanischen Turmes neu gestaltet. Ähnlich wie der Kirchturm in Berg erhielt der Turm ein Pyramidendach und vier Ecktürmchen. Dieser Turm wurde 1748 abgetragen.
    Bald nach dem Neubau der Pfarrkirche begann in Deutschland die Reformation. Im Jahre 1541 setzte der Pfalzgraf und spätere Kurfürst Friedrich II., der sich in Lauterhofen auch ein Absteigequartier (Lederer-Anwesen) erbauen ließ, lutherische Prädikanten in Lauterhofen ein. 1582 wurde in Lauterhofen die calvinische Lehre eingeführt. Kirchliche Kunstwerke wurden danach entfernt und meist vernichtet. Vom letzten calvinischen Prädikanten wurden zwei Fuhren noch vorhandener Bilder, Statuen und Paramente verbrannt. Die Pieta in der heutigen Pfarrkirche ist ein letztes Überbleibsel dieser Zeit.
    1623 kam Lauterhofen zu Bayern und schon 1625 wurde in der Pfarrei das katholische Bekenntnis wieder eingef&uum