Mit dem Plan, ein gemeinsames Leben zu führen und sich besonders der fürsorge- und pflegebedürftigen Kinder anzunehmen, kauften am 14. Februar 1852 die drei unverheirateten Frauen Rosina Weber aus Marbertshofen sowie Maria Anna Beer und Kunigunde Lehmeier aus Lauterhofen, die noch erhaltenen Gebäude des ehemaligen Schlosses Oberlauterhofen.
Zunächst wurde eine "Rettungsanstalt für arme verwahrloste Kinder" errichtet und 1860 erhielt das „Klösterl", wie es genannt wurde, eine eigene Hauskapelle mit Kreuzweg. 1881 schlossen sich die Frauen den Dillinger Franziskanerinnen an. Im gleichen Jahr wurde auch die „Kretinenanstalt Lauterhofen" eröffnet, in der nunmehr fünf Schwestern die Pfleglinge betreuten.
Als in den folgenden Jahren die Anstalt immer größer wurde, verstärkte sich der Wunsch, eine eigene Anstaltskirche zu haben. Um 1900 begann die Planung eines Gotteshauses mit 23 m Länge, 10 m Breite und 11m Höhe. 1902 war der Rohbau erstellt. Im Jahre 1904 wurde neben einigen Kunstwerken auch ein neuromanischer Hochaltar erworben und am 4. August 1904 vollzog der Eichstätter Bischof Freiherr Leopold von Leonrod die feierliche Weihe der neuen Kirche. Patronin des Gotteshauses wurde die hl. Elisabeth.
Im Jahre 1929 ging man daran, die Kirche des Pflegeheims zu erweitern. Um einen doppelt so großen Kirchenraum zu erhalten, musste die im Osten vorbeiführende Straße überbaut werden. 1930 wurden Erweiterungsbau und Kirchturm fertig gestellt und 1931 erfolgte die Konsekration des Hochaltares.
In der Folgezeit erfuhr die Kirche mehrere Umgestaltungen. Eine gründliche und umfassende Renovierung erfolgte 1959. Drei neue Altäre aus Stein wurden aufgestellt. An die Ostwand kam das mächtige Kraus aus Lindenholz, der Tabernakel kam auf den rechten Seitenaltar. 1959 erhielt die Kirche auch eine neue Orgel.